В начальной школе используется гибкое расписание, когда жесткая сетка остается только для учителей-специалистов, а очередность уроков основного учителя может меняться в зависимости от разворачивающейся деятельности и по договоренности с детьми (поэтому в детском расписании указывается «наши уроки» или «уроки в классе»).
Важной организационной особенностью является переход на полный день. Такая система, в отличие от использования ГПД, позволяет свободно планировать вместе с детьми весь день, чередуя разнообразные образовательные формы и отдых. Режим полного дня является условием организации крупных игр-проектов в начальной школе, поскольку создаются возможности осуществлять достаточно протяженные виды работ, кооперироваться с учителями-предметниками и родителями, желающими заниматься с отдельными группами детей. Такой режим дает организационные возможности для детского выбора и индивидуальной работы. Очень важно, что оба педагога, работающие с классом, решают общие задачи, совместно планируют шаги, дополняют друг друга в их реализации.
Общее поле начальной школы создается за счет еженедельного «Свободного дня», многочисленных праздников, а также использования коридоров и холлов для выставок разнообразных детских работ, по которым можно судить о происходящем в классе.
В «Свободный день» все дети начальной школы, независимо от класса, составляют личное расписание, выбирая по желанию мастерские из предложенного перечня, например «Оркестр импровизаторов», «Конструкции и механизмы», газета «Вести 3-го этажа», «Готовим сами», «Керамика», «Читаем вместе» и т. д. Одни из этих мастерских действуют весь год, другие открываются на определенный период. Составляя расписание, ребенку нужно учесть, какие мастерские длятся урок, какие - два, а также ограничения в количестве свободных мест.
Кроме событий, объединяющих всю начальную школу, распространены взаимодействие и сотрудничество нескольких классов по разным поводам (участие в общем проекте, посещение презентации созданной одним классом книги или музея, общий поход и т. п.).
Начальная школа тесно сотрудничает со всей остальной школой. Учителя средней и старшей школы участвуют в отдельных проектах, распространена педагогическая практика для подростков, старшеклассники участвуют в создании разнообразных физкультурных испытаний, турслетов, театрализованных игр.